La Rocca di Manerba ha attratto l’insediamento umano fin dalla preistoria, vi sono tracce risalenti al periodo Mesolitico (8000-5000 a.C.), risale, invece, al Neolitico (circa 4000 a.C.) un villaggio protetto da palizzate in legno e costruito sul terrazzamento superiore della Rocca.
Tra il X e l’VIII sec. a. C. la Rocca dovette essere sede di culti celebrati all’aperto e la sacralità del luogo viene ribadita in epoca romana, con la costruzione di un piccolo tempio, forse dedicato alla dea Minerva, da cui deriverebbe il nome di Manerba.
La funzione difensiva delle costruzioni sulla Rocca di Manerba continuò anche nei secoli successivi, come attestano i resti murari riportati alla luce durante gli scavi archeologici condotti nella primavera 2009, nel corso dell’XI secolo, viene costruita la terza cinta di mura di fortificazione e l’accesso alla sommità avviene salendo dalla frazione di Montinelle.
Nel 1277 la Fortezza viene demolita da parte dei Bresciani, che avevano conquistato la Rocca, sottraendola al controllo degli Scaligeri. La successiva ricostruzione delle strutture difensive situate sulla sommità della Rocca, con la creazione di due cinte murarie concentriche con scala di accesso protetta da una possente torre, avvenne dopo che furono completamente smantellate le strutture preesistenti.
Nel 1574, quando la Rocca doveva essere già parzialmente in rovina, la Repubblica di Venezia provvederà alla sua completa distruzione, per liberarla da pericolosi banditi che l’avevano scelta come rifugio.